Bruker Corporation a annoncé des capacités étendues pour une couverture protéomique et épiprotéomique plus profonde, notamment une analyse améliorée des phosphopeptides à l'aide de l'algorithme innovant TIMScore, qui fait désormais partie de la nouvelle plateforme PaSER 2022 basée sur GPU. Le nouvel algorithme TIMScore tire parti de l'apprentissage automatique pour prédire les valeurs CCS des peptides tryptiques et phosphorylés. Les valeurs CCS mesurées expérimentalement sont référencées par rapport à la valeur CCS prédite pour appeler l'affectation la plus probable, augmentant ainsi la confiance et la couverture des peptides dans les applications à haute sensibilité.

L'algorithme TIMScore est particulièrement habile dans l'identification des phosphopeptides, même au taux de fausse localisation le plus strict en utilisant LuciPHOr1, où il identifie typiquement 10 à 25 % de phosphopeptides en plus. Le kinome humain comprend plus de 500 kinases et est essentiel pour catalyser la phosphorylation des protéines qui, lorsqu'elle est déréglée, contribue de manière connue à l'oncogenèse.2 Dans une étude précédente sur les lignées cellulaires cancéreuses humaines réalisée par Mann et al, au moins trois quarts du protéome détecté (7832 sur 10 801 protéines) se sont avérés être phosphorylés3.

Dans une étude récente réalisée dans le laboratoire de Tenzer au centre médical universitaire de l'université Johannes Gutenberg de Mayence, quelque 27 768 phosphopeptides contenaient 4 672 paires de phosphopeptides isobares, dont 51 % étaient coelutées par chromatographie. TIMScore a pu séparer 19% des paires d'isomères coelutifs, affinant ainsi la vision du phosphoprotéome d'une lignée cellulaire d'ostéosarcome humain. TIMScore complète les capacités de TIMS DIA-NN.

Les deux ont été intégrés dans PaSER 2022 pour les flux de travail “Run & Done” ; dda-PASEF et dia-PASEF. En utilisant les acquisitions TIMScore et dda-PASEF des lignées cellulaires K562 et MOLT-4, 40 fractions exécutées à des gradients courts (35 min) et longs (120 min) et filtrées à un FDR4 de 1% ont permis d'identifier plus de 513 000 précurseurs et 13 114 groupes de protéines. Grâce à l'accès à cette bibliothèque ultra-profonde dérivée expérimentalement et filtrée statistiquement, les séries TIMS DIA-NN et dia-PASEF à gradient court de 35 minutes identifient couramment >8000 groupes de protéines et >100000 précurseurs, ouvrant la voie à la protéomique translationnelle à haut débit.

Le logiciel PaSER 2022 comprend TIMScore et TIMS DIA-NN pour le traitement des flux de travail dda-PASEF et dia-PASEF sur les systèmes timsTOF Pro 2, timsTOF SCP et timsTOF fleX. PaSER utilise le streaming de données pour les flux de travail dia-PASEF en temps réel, en prenant en charge ‘run & done' pour les flux de travail 4D protéomique et 4D épiprotéomique à haut débit.