L'indice Nikkei a perdu 297,16 points à 12.338,53 et le Topix, plus large, a cédé 19,53 points (1,85%) à 1.038,57.
Les valeurs exportatrices, particulièrement exposées à l'Europe, ont fait les frais du regain de tension.
Mazda Motor Corp a cédé 2,68%, Nikon Corp 3,18% et Shimano Inc 5,6%.
"Ce sont des titres dont les investisseurs veulent se débarrasser alors que montent les incertitudes sur l'Europe", a déclaré Naoki Fujiwara, gestionnaire de fonds de Shinkin Asset Management.
Ayai Tomisawa, Nicolas Delame pour le service français, édité par Benoît Van Overstraeten